根据《中华人民共和国环境保护法》第四十一条的规定：“造成环境污染危害的，有责任排除危害，并对直接受到损害的单位或者个人赔偿损失……。” 《水污染防冶法》、《大气污染防治法》、《海洋环境保护法》等法律、法规均有类似的条文作出这方面的规定，那么，处理环境污染赔偿纠纷应注意哪些问题呢?
一、处理环境污染损害赔偿的案件除要听取当事双方陈述和提供有关的材料进行审阅外，环境监理调查小组还应进行调查取证、现场勘察、取样化验，以确定责任人的损害事实、因果关系、赔偿责任、赔偿金额，等等。
二、环境污染损害赔偿责任的确认是实行无过错的责任原则。无过错的责任原则是指一切污染和破坏环境的单位或个人，只要客观上造成损害结果，即使主观上不是故意和没有过失，也应当承担损害赔偿责任。也就是说，致害者无论有无主观过错，行为有无违法，排污有无超标，都不影响赔偿的责任成立，只要致害者的行为与损害结果之间具有因果关系，赔偿损害即可成立。《民法通则》第一百零六条和第一百二十四条也确认了这一赔偿原则。
三、赔偿损失包括：
污染造成财产的直接减少或灭失;损害人体健康所支付的医疗费、护理费、必要的营养费，误工工资、奖金、交通费以及因受害人自行消除污染、排除危害而实际支付的费用。因污染损害造成的经济损失不作赔偿，但可根据是否预见将来必然获得的财产或利益等实际情况作适当的补偿。污染损害应赔偿全部实际损失，但往往致害者的经济承受能力难以做到，目前污染损害纠纷的赔偿常常没有 100%，所以赔偿问题要看具体情况而定。
四、污染损害由两个以上的致害者共同造成的，应分清责任大小。分清责任的大小，可从责任单位的排污量、排放污染物的毒性对损害的作用大小等来确定各自应承担的赔偿责任。在工作实践中，笔者不主张共同责任者负连带责任原则，虽然《民法通则》第一百三十条：“二人以上共同侵权造成他人损害的，应当承担连带责任，”但如果用在行政调解处理污染损害赔偿问题上，因各责任者站在自身的利益立场上，会对责任不清纠缠不休，不利于及时解决污染纠纷。有的人民法院对这类污染损害赔偿案件进行审理，也需把责任大小弄清才能判决。
五、监测采样，务求做到公正、合理、合法。监测人员进行采样化验时，一般要求当事双方有人在场，哪一方要求监测，就由该方支付监测费，如双方都不愿支付，确实造成他人损害者须支付监测费;非因污染造成损害的，监测费由申请赔偿损害的一方承担。
六、环境污染损害赔偿，要有根有据，合情合理，不得设想、臆造实际上不存在或不可能存在的所谓“损失”，不在赔偿之列。有些受害方故意夸大损失数额，“漫天要价”、“乘机捞一把”，这些都是错误的，不能迁就的，不能允许的。
七、经调查取证，现有的技术手段或材料无法证明受害者申请赔偿理由成立的，不作赔偿，并书面告知申请人。
八、完全由不可抗拒的自然灾害引起的，并经及时采取合理措施，仍然不能避免造成污染损害的，被指控致害者免承担责任。
九、在查明事实、分清责任的基础上，环保部门应组织当事各方进行调解，在行政机关主持下，通过说服教育和友好协商，使当事人消除纷争，自愿达成赔偿协议。调解成功，应制作环境污染损害赔偿调解协议书，及时送达当事各方执行;调解不成，主持调解的环保行政机关发给环境污染损害赔偿调解终结书，当事双方都可以向人民法院另行提起民事诉讼，环保部门不当被告。但必须强调，当调解不成，环保部门不要再作什么“处理决定 ”、“裁决”等被人民法院认为是行政机关单方面的具体行政行为。如果处理不当，环保部门亦会当被告，我省有的市的中级人民法院处理这类案件是有过先例的。
十、赔偿损失不免除行政责任，刑事责任的原则。处理环境污染赔偿纠纷时，发现当事人另有环境违法行为的，应另行作出行政处罚;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
