依据《商标法》第五十三条和《商标法实施细则》第四十三条规定，侵犯商标专用权的行为由工商行政管理机关和人民法院处理。
任何人都可以向侵权人所在地或侵权行为地的县级以上工商行政管理机关控告或检举。一般侵权案件由县级工商行政管理部门查处，涉外案或大案由地级或省级工商行政管理机关处理。侵权人所在地，是指侵权人住所、居所所在地或侵权人单位所在地;侵权行为地，指侵权人实施侵权行为所在地。
对工商行政管理机关处理不服的可以向人民法院起诉。被侵权人也可以直接向人民法院起诉。对于商标侵权的地域管辖，我国商标法没有明确规定。但《民事诉讼法》第二十九条规定，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或被告住所地人民法院管辖。当事人因不服工商行政管理机关的处理而人民法院起诉的，根据《行政诉讼法》第十七条规定，行政案件由最初做出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖，经复议的案件，也可由复议机关所在地人民法院管辖。
工商行政管理机关和法院在处理商标侵权案件时有所不同，主要表现如下。
1)要求处理的当事人不同 按照《商标法》第五十三条和《商标法实施细则》第四十二条之规定，任何人都可以向工商行政管理机关控告或检举商标侵权行为，既可以是被侵权人，也可以是被侵权人以外的其他人。而请求人民法院处理商标侵权案件的当事人，必须是被侵权人。法院不受理其他人的起诉。当然消费者也可以根据《消费者权益保障法》向人民法院起诉，但这时涉及的是经营者对消费者权益的侵害，而不是商标侵权引出的法律关系。
2)对被告要求不同 工商行政管理机关在受理商标侵权案件时，只要求提供侵权事实存在，被告不一定十分明确;而人民法院要求被侵权人起诉时，必须提供明确的被告，否则不予受理。
3)受理原则不同 工商行政管理机关从保护消费者利益、制止不正当竞争、维护社会正常经济秩序出发，即使无人控告、检举，也要“主动查处”商标侵权行为。人民法院则实行“不告不理”的原则。没有被侵权人起诉，人民法院不处理商标侵权案件。
1.商标侵权的行政处罚
对于侵犯注册商标专用权的，依据《商标法》第五十三条、《商标法实施细则》第四十三条规定，工商行政管理机关可以采取下列措施给以处罚。
(1)责令停止侵权
具体措施如下：
①责令立即停止销售;
②没收、销毁侵权商品;
③没收、销毁专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。
(2)处以罚款
对侵犯注册商标专用权但尚未构成犯罪的，工商行政管理机关可以根据情节处以非法经营额50%以下或侵权所获利润五倍以下的罚款;对侵权单位的直接责任人员，可根据情节处以1万元以下罚款。
对以上两项处理不服的，当事人可以收到通知之日起15天内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。逾期不起诉又不履行的，由工商管理机关申请人民法院强制执行。
(3)就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解
进行处理的工商行政管理部门根据当事人的请求，可就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解，调解不成的，当事人可依法向人民法院起诉。
2.商标侵权的民事责任
根据《民法通则》第一百一十八条规定，商标权遭受侵害的，有权要求停止侵害、消除影响、赔偿损失。根据《商标法》第五十三条规定，被侵权人可以要求侵权人立即停止侵权行为，赔偿损失。其中，侵权赔偿额为侵权人在侵权期间所获得的利益，或者被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失，包括被侵权人为制止侵权行为所支付的合理开支。如果前二者都难以确定，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予50万元以下的赔偿。商标注册人或利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其注册商标专用权的行为，如不及时制止，将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在起诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。
