申请文件包括软件著作权登记申请表格、软件的鉴别材料及与软件登记相关证明文件，以及软件著作权登记申请费。
1、计算机软件著作权登记申请表格，包括：
(1)计算机软件著作权登记申请表
(2)计算机软件说明书
(3)例外交存申请书(按照《登记办法》第十二条二款规定，申请者有此要求时所填写提交的登记文件)
(4)源程序封存申请书(按照《登记办法》第十四条规定，申请者有此要求时填写提交的登记文件)
2、登记软件的鉴别材料。按照《登记办法》第十一条规定：
软件鉴别材料是指能够体现软件为独立开发的、人可读的、含有软件的识别部分的材料，包括程序的鉴别材料和文档的鉴别材料两部分。具体是：
(1)程序的鉴别材料。按照《登记办法》第十二规定：软件鉴别材料是指程序鉴别材料应当由源程序的前、后各连续的30页组成(即60页);若整个程序不到60页时，应当提交整个源程序清单。
(2)文档的鉴别材料。按照《登记办法》第十三条规定：文档的鉴别材料是指应当至少为一种软件文档;所提交的每种文档的鉴别材料应当由该文档的前、后各连续的30页组成(即60页);若文档不到60页时，应当提交整个文档。
3、登记软件相关的证明文件。按照《登记办法》第十条规定：申请软件著作权登记时，提交的主要证明文件是：
(1)申请者资格证明
A、个人申请登记时，提交个人身份证明。如：个人居民身份证影印件;
B、单位(法人或者非法人)申请登记时，提交法人单位证明(如：经法人加盖公章的法人或者非法人单位表格)及企业法人依法登记成立的法人营业执照。
(2)软件著作权权属关系证明
A、隶属单位的个人，提交由所在单位出具的非职务开发软件的证明;无单位的个人提交由个人出具的保证书;
B、合作开发、委托开发和下达任务开发软件，提交软件著作权归属的书面协议;
C、利用他人的软件产生的修改本、合成软件，若应当经原软件著作权人同意或授权的，提交原软件著作权人的同意或授权书;
D、权利的继承者、受让者申请登记时，提交权利继承、受让的证明文件。
4、软件著作权登记申请手续费
办理软件著作权登记的申请手续费一般是300元，需要例外交存或者封存源程序应另行交费。
