工程项目审计实施过程就是实现项目审计目的的过程。这一过程具有一般审计项目共有的实施程序：即下达审计通知书，制定审计方案，组织实施审计，编写审计报告，交换审计意见等。严格按审计工作规范程序实施审计是控制审计质量和降低审计风险的必要保证，因此，工程项目审计实施时要充分考虑审计目的对方案的要求，在实施过程中有效地运用规范的审计程序去完成审计任务。
进行工程项目审计，要实现预期的审计目的，起到促进项目部加强管理、提高效益的作用，取得较好的审计成效，经过近几年的项目审计实践，笔者认为：
1、从亏损项目审计入手，是开展工程项目审计的有效途径。
一般地讲，由于工程项目的亏损、成本控制不严、费用开支过大、管理不善等问题较容易被暴露出来，也容易引起领导和职工的关注，从亏损项目着手进行审计能够使审计贴近企业经济生活的“热点”。开展工程项目审计应以真实性为基础，以检查内部控制为切入点，通过对被审计单位最容易出错的环节进行审计，能较好地抓住亏损的主要原因，对己发生的事实能够进行符合实际的客观评价;同时对症下药提出的审计意见，有较强针对性及较强的现实意义，能够产生较好的审计效应，增强企业各管理层对审计工作的认识和“加强管理、争创效益”的意识。
2、工程项目审计要以成本费用为重要审计内容。
在工程结算收入较为确定的情况下，项目经理部若控制住了工程成本，就是抓住了项目管理的核心。对于工程项目审计也是如此，工程项目的审查重点在于对工程项目施工组织，人、材、物的供应，机具的配置等等进行分析，抓住影响效益的关键因素。
在成本费用审计时，一是要重点加强对分包工程的审计监督，就目前施工企业的现状来看，分包工程大量存在，而且有的项目分包工程所占比重较大，若监督不力，效益很容易从此流失。二是要加强对项目合同的审计，着重审查合同的签订、修改、变更制度是否健全，是否按授权范围及工作程序进行。三是要加强对人工、材料、机械等结算价格的审查，评价其价格信息制度是否完善，能否及时掌握市场价格变动情况。
3、工程项目审计要深入到影响项目业绩的环节。
目前的审计工作的重点放在内部控制制度上，主要采用符合性测试及实质性测试等方法检测企业及项目部的内部控制制度的完整性、合理性及有效性，但这种测试仅停留在企业内部控制的表面，没有深入到企业生产经营的业绩环节，忽略企业及项目部的经营风险。有一个好的项目，又有了一定的投入，并不一定就能产生好的效益。由于管理不善或资金使用不当，或施工组织不科学、机械设备及施工临时设施布局不合理，都可能影响这个项目效益的发挥。因此，工程项目审计就要查明被审项目的所耗和所得，并加以分析对比、评价其是否节约，是否有效利用人力、物力和财力，是否达到预定的目标和预期的效果，从中发现问题，提出提高经济效益的措施，促进项目部改善经营管理。
4、组织相关职能部门人员的联合审计组进行审计是工程项目审计的有效方式。
目前内部审计人员结构、素质难以适应对工程项目的全面的审计，传统的财务收支审计只是项目审计的一部分，而对影响工程成本的施工组织方案、材料物资供应、施工机械的配置与调度、分包工程成本等重要因素的审计，没有相应的专业人员的参与很难达到一定的深度，使审计工作存在较大风险。有鉴于此，组织工程技术、经营计划、机务物资及审计部门本身等多部门具有适当的学历和工作经验的专业人员的联合审计组，是进行项目审计的内在需要，同时也是实施项目审计的有效方式。
5、进行项目审计要选择恰当的时机。
项目审计的主要目的：是促进项目部加强各项管理，促进提高工程项目的盈利水平。管理制度的实施及其改进的效果只有在实际执行后才能体现，工程利润的形成只有通过组织施工，办理工程结算后才能实现，因此，施工过程的完结，结算?就分包工程而言 工作的办理，标志着项目管理的完成和工程利润的定型。项目审计时机的选择就是要充分考虑时间因素对审计效率的影响，以使审计建议、管理建议等有采纳的时间，所以选择工程项目期中和竣工前进行审计则是较为恰当的时机。
6、工程项目审计风险的防范。
工程项目的审计风险存在于工程项目收入的不确定性中。一般说来，施工的工程项目几乎不可能不修改设计方案，施工方案也随之修改，施工工程量也时有增加或减少，增加工程量的确认，业主经常要在工程竣工结算前办理概算调整，有时还要考虑多种因素才能最终确定，但施工单位实际费用已结算支付，工程价款收入的这种滞后性为工程项目审计留下了风险。
另外，近年来施工企业由于施工规模的扩展，工程量的增大，跨年度施工和分包工程也随之日益增多，由于资金等多种因素的影响，总承包方难以及时办理分包结算，这也为项目的实际支出的不确定性留下伏笔，审计人如不注意防范，工程项目审计的事中审计风险就较大。如某工程总公司某公司某一工程项目，前两年度会计报表一直反映是盈余，后经审计才发现大额的分包工程未结算完毕，分包工程量未作确认，而分包工程量已由监理签字验收，经审计调整后，最终出现了大额的亏损。如果忽视分包单位的工结算审计，就会出现审计结论与客观事实相违背的结果，必然会导致审计失败，其后果较为严重。
