未登记建筑的补偿问题，当前存在的几种做法：
《国有土地上房屋征收和补偿条例》第24条第2款规定：“市、县人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。”
各地由于历史原因存在大量手续不全、未经登记的房屋，在征收范围确定后，各市、县级人民政府应当组织有关部门对这一部分房屋进行调查、认定、处理，并应就此在行政诉讼中承担相关举证责任。
在作出被诉房屋征收补偿决定前，相关部门未对被拆迁建筑进行调查、认定，仅以未经合法产权登记为由不予补偿，该征收补偿决定事实不清、依据不足。
对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，给予补偿。未超过批准期限的临时建筑，也是合法建筑，未到批准使用期限拆除，会给临时建筑所有人带来一定的经济损失，故应补偿。对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。当事人对有关部门的认定和处理结果不服的，可以依法提起行政复议或者诉讼。
对于已被确定为违法建筑的情形，《国有土地上房屋征收与补偿条例》明确规定不予补偿。根据《城乡规划法》的规定，所谓违法建筑，是指在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证件或者违反建设工程规划许可证的规定建设，严重影响城市规划的建筑。一般包括四种情形：（1）未申请或申请未获得批准，未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑；（2）擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑；（3）擅自改变了使用性质建成的建筑；（4）擅自将临时建筑建设成为永久性的建筑。
