破产抵销权的限制，主要有：
1、债务人的债务人恶意取得的债权不能抵销。
破产法第40条第3款规定，债务人的债务人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人取得债权的;但是，债务人的债务因为法律规定或者有破产申请1年前所发生的原因而取得债权的除外。
债务人进入破产程序后，管理人有权就第三人(债务人的债务人)对破产企业所负债务进行清收，清收回来的财产用于对所有债权人的清偿。如果允许第三人在明知债务人已发生破产原因或已提出破产申请的情况下，以所取得的对债务人的债权与其所负债务进行抵销，则意味着既免除第三人的偿债义务，又使其债权得到优惠性清偿，从而损害了其他债权人的公平受偿权，因此也在法律禁止之列。
2、破产债权人恶意负债不能抵销。
《破产法》第40条第2款规定，债权人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人负担债务的;但是，债权人因为法律规定或者有破产申请1年前所发生的原因而负担债务的除外。
由于债权人在破产清算程序中所能受偿的份额一般很低，法律若允许债权人将该负债与其破产债权相抵销，则意味着该债权人的债权得到了优先或全额清偿，违反破产法公平保护债权人利益的原则。但是如果有法律规定比如继承，或者破产申请前1年所发生的原因(比如1年前双方已订有合同)，债权人对债务人负债的，不在此限。
3、可进行破产抵销的债务仅以破产申请受理前发生的为限。
《破产法》第40条第1款规定，债务人的债务人在破产申请受理后取得他人对债务人的债权的，不得抵销。
即破产企业债权人用以抵销的债务必须是在破产申请受理前取得的，破产程序进行中发生的新取得的债务不得进行抵销。因为，允许该种情况的抵销，债务人的债务人可能会以极低的价格受让他人对债务人的债权，这既免除了债务人对破产人的负债，又使破产债权人的债权得到全额清偿的不公平的后果，违背破产法设立抵销的宗旨。
4、其他抵销限制。
如破产债权人的自然债权不得与其所负债务抵销。债权人、债务人互负之债权、债务均应具有强制效力，破产债权人已超过诉讼时效的自然债权，不得与具有强制力的债务相互抵销。破产债权人因侵权对破产人产生的债务不得抵销;破产企业出资人享有的破产债权不得与其未到位的注册资本金相抵销等。
