如果站在国家立场，即宏观角度而言，跨省就医即时报销也有副作用。一个可预见的结果便是：随着人们选择诊疗机构自由度的提高，优质诊疗资源必定会被更加青睐。
一个现状是，由于大城市、大医院的虹吸效应，优质诊疗资源多集中在大城市、大医院。那么，跨省就医即时报销如何避免人们蜂拥而入大城市、大医院？又如何消除医保资金加速向大城市、大医院聚集，而低收入地区医保资金短缺的担忧？
可以说，如果让老百姓充分享受跨省就医即时报销的利好，就要尽力减少该项措施带来的副作用。一个正常的医疗秩序，应该是一个正三角形。形象而言，应为小病或70%的常见病不出社区，20%的大病不出县市，剩余10%的疑难杂症才到顶级医院诊治。
如英国、澳大利亚的“社区守门人”制度，国外学者调查发现，90%以上的患者都可以在社区全科医生那里得到满意的医疗服务。反观中国，农村人得病直奔县级或地级医院，城市人得病则直奔三级大医院，大医院人声鼎沸、基层医疗机构门前冷落，由此滋生看病难、看病贵难题。
因此，跨省就医即时报销，就该有配套措施及时跟进或同步进展、不分轻重。与之配套的措施，便是认真完善并推行分级诊疗制度，提高基层医疗机构的诊疗人数，做到“健康进家庭，首诊在社区，大病在医院、康复回社区”的有序就诊，给基层医疗机构加担子，同时也给大医院减负。
并且凡是分级转诊的病人，异地结算时就该相对提高报销比例；而对于不管病情轻重缓急，直奔大医院的患者，其异地结算报销比例就该相应降低。如此才能保持医疗资源的合理分配，减少看病异地结算带来的“副作用”。
