公司章程与公司设立协议有以下几个方面的不同：
(1)在我国，法律对公司设立过程中设立协议和公司章程的规定因公司的组织形式的差异而有所不同。在设立协议方面，我国公司法对股份有限公司和有限责任公司进行区别对待，对有限责任公司放松国家干预、对股份有限公司强化国家干预。而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。
(2)性质不同
设立协议一般是不要式法律文件，作为当事人之间的合同，主要根据当事人的意思表示形成，其内容更多地体现了当事人的意志和要求，就设立协之而言，需要遵守合同法的一般规则;而公司章程则是要式法律文件，公司法对章程的内容有明确规定，公司章程必须按公司法的规定制定。
(3)公司设立协议与公司章程的效力也不同
从效力的范围来看，由合同或协议的相对性决定，设立协议既由全体发起人订立，调整的是发起人之间的权利义务关系，因而只在发起人之间具有法律约束力;而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间等的法律关系，其中股东都受章程的约束。
从效力的期间来看，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着设立协议因履行终止;而公司章程的效力则及于公司成立后及其存续期间，直至公司完全终止。
