侵害植物新品种权纠纷，是指当事人之间因侵犯植物新品种权及有关权益而发生的争议。
对于植物新品种申请权和植物新品种权权属纠纷案件的管辖，-应当区别权属争议发生的原因即合同关系还是侵权行为，分别根据t《民事诉讼法》一及其司法解释有关合同和侵权案件的管辖规则来确定案件管辖。
对于一般民事侵权纠纷案件的管辖，r根据’《民事诉讼法》第29条的规定，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖;土述侵权行为地，根据最高人民法院《关于适用’’(中华人民共和国尉事诉讼法)若干问题的意见》第28条的规定，包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。
对于侵害植物新品种权纠纷案件的地域管辖：最高人。民法院、《关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》，第4。条规定，’：以侵权行为地确定人民法院管辖的侵犯植物新品种权的民事案件;其所称的侵权行为地，是指未经品种权所有人许可，以商业目的生产、销售该授权植物新品种的繁殖材料的所在地，或者将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料的所在地。
对于侵害植物新品种杈纠纷案件的级别管辖，根据最高人民法院：《关于审理植物新品种纠纷案件若干问题的解释》第3条规定，曲备省、自治区、直辖市人民政府所在地和最高人民法院指定的中级人民法院作为第寸审人民法院审理j截至2010年底，全国具有植物新品种案件管辖权的中级人民法院共有46个。
处理植物新品种申请权权属纠纷和植物新品种权权属纠纷的主要法律依据是《合同法》第326条、第327条和第339—341条，《植物新品种保护条例》第7条、第8条，最高人民法院《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第2—5条和第16条。另外，可以参照《植物新品种保护条例实施细则(农业部分)》第7～10条和《植物新品种保护条例实施细则(林业部分)》第5条和第7条的规定。
处理侵害植物新品种权纠纷的主要法律依据是《植物新品种保护条例》第6条、第39条和第40条，以及最高人民法院《关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》。
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